Yayasan Darul Mustofa didirikan oleh K.H. Umar Farouq Alkomy, S. H, M. Hum, sehingga beliaulah yang menjabat ketua yayasan Darul Mustofa. Karena kesibukan K.H Umar Farouq yang telah menjadi anggota DPRD Bangkalan, maka penanggung jawab yang berkaitan dengan pendidikan di yayasan Darul Mustofa diberikan kepada adik kandung beliau yang bernama H. M. Muchlis Saif Alkomy, S.Pd.
H. Muchlis Saif Alkomy, S. Pd, bertanggung jawab mengelola pendidikan yayasan Darul Mustofa dari mulai TK, Madrasah di siang hari, SMP, SMA dan SMK yang setiap jenjangnya memiliki kepala sekolah masing-masing. Yayasan ini menampung siswa siswi untuk golongan tak mampu. Sehingga siswa siswi disini bebas biaya sekolah. Yayasan ini juga mendirikan asrama yang tidak lain adalah pondok pesantren yang salafiyah, sehingga ruangan untuk para siswa dan siswi dibedakan dalam menjalankan rutinitas kegiatan kepondokan maupun sekolah. Yayasan ini membebaskan seluruh siswa dan siswinya untuk menetap di pondok pesantren atau hanya bersekolah di Darul Mustofa Adapun SMA Darul Mustofa didirikan pada tahun 2005, dengan jumlah siswa sekitar 25 orang. Pada saat itu yang menjabat sebagai kepala sekolah adalah Drs. Taufik Hidayat yang menjabat selama 5 tahun. Sehingga, pada tahun 2010 digantikan oleh ibu Dwi Ratna Ningsih S, Pd yang menjabat kepala sekolah hingga sekarang.